坚持以水生生物研究为特色，以多学科交叉（生物科学、生物制药、材料化学等）融合为导向，立足江苏区位优势，围绕我省在水生动物疫病防控、特色生物功能分子开发利用和水域生态环境保护等领域的重大需求开展研究。
1. 经济水生动物疾病防控
围绕我省优势特色水产养殖品种（河蟹、青虾、小龙虾等），特别是溧水、高淳及周边区域的特色养殖品种，综合运用微生物学、细胞生物学、分子生物学及多组学关联分析等现代生物学方法，开展重大疾病的病原及致病机理、宿主先天免疫的防御机制、植物多糖等生物功能分子对水生动物在促生长、提高免疫力及增强抗病力等方面的研究。此外，结合我院生物制药专业，在水产新型替抗药物的开发领域积极探索，促进多学科融合，开拓新研究方向，培育重大科研项目。
2. 特色生物功能分子及水产功能食品的开发利用
结合食品科学与工程新设本科专业、江苏省生物功能分子重点建设实验室平台和药食两用生物功能分子校级平台的优势特色，围绕特色植物资源的天然产物，沿着生物功能分子的分离鉴定→性质优化→开发利用的路线，构建从前期技术开发到后期下游应用的全产业链，强化在水生动物免疫增强剂的产品开发和重大疾病的生态防控中的应用。此外，融合水产食品加工特色，在横向项目合作上持续发力，加强与行业内联系，提升服务社会水平，促进产学研进一步融合。
3. 重要水域生态的健康评价与保护
围绕我省重要湖泊和河流的浮游动植物和底栖生物的组成结构、群落动态及生物多样性指数等关键指标，评价环境因子与群落结构的相关性，为水环境保护和治理提供科学依据，为生物科学、生物制药、应用化学等专业本科生的培养提供良好平台。
